宇宙世紀0099年、地球連邦軍タクナ・S・アンダースン准尉は、衛星軌道上に配備されている宇宙母艦「ベクトラ」にΖ>（ゼータプロンプト）のパイロットとして配属された。

第二次ネオ・ジオン抗争が終結してから6年、何事もなく平穏に過ぎていた世界は、たった1隻のベクトラだけで全宇宙軍と戦争をできるほど軍縮が進み、この地球防衛機関最後の砦といえるベクトラでさえも、ティターンズ化の恐れや、散発するテロリズムの被害額よりも経費がかかるという理由から寧艦案が内定するなど、連邦軍の腐敗・衰退は急速に進みつつあった。

その中で、Ζシリーズの新型機Ζプルトニウスのパイロット候補に選ばれているタクナは、飛行機で移動する連邦大統領の高高度護衛の任務に就く。単なる護衛任務であったが、発進直前にスクランブルコールが鳴り響き、大統領機がミサイルによって攻撃されたという連絡を受ける。

この事件を皮切りに、世界は人類の存亡すら賭けた戦いへ突入していく。