突然起きたサーバーのダウン、流れ出す幽霊の噂。ネットゲーム"ザ・ワールド"になにかが起きようとしている!その中心にいるのは異形のPCソラと不思議な力を持つ少女アウラ。そして、2人と出会い、ソラに惹かれていく孤独な重斧使いカール。この3人の出会いが、世界を変えていく-。シリーズ最大の謎、アニメ版「.hack//SIGN」とゲーム版を繋ぐ半年間の出来事を描いたオリジナルストーリーが遂に登場。