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『怪奇大作戦 ミステリー・ファイル』（かいきだいさくせん ミステリーファイル）は、NHK BSプレミアムで土曜日22:00放送のNHK・円谷プロダクション制作の特撮テレビドラマである。『怪奇大作戦』のリブートである。2013年10月5日から11月16日にかけて、全4話が放送された。

常識ではあり得ぬ怪奇犯罪に対して、官民の手で創設されたSRI＝Science Reserach Institute（特殊科学捜査研究所）がその科学力と洞察力を武器に立ち向かう。登場人物の設定は、『怪奇大作戦』・2007年制作のNHK BSハイビジョン（当時）にて放送された『怪奇大作戦 セカンドファイル』を基本的に踏襲しているものの、セカンドファイルの時とは一部で変更が見られる。

ドラマ演出にはベテランの鶴田法男、緒方明と中堅のタナダユキ、田口清隆が起用され、キャストは前作のセカンドファイルから主演が西島秀俊から上川隆也に交代するなど一新されている。