高校生・天宮晴輝の住む町は、ある日突然、人を襲う“保菌者”によって埋め尽くされてしまった…。蠢く大量の“保菌者”から逃げ切れるのか!? 絶望的サバイバル、開幕! 変わり果てた人間が町を襲い、変わり果てた町が人を阻む!! いつもの道を、命を懸けて駆け抜けろ!

自衛隊による保菌者の殺害を認める法案…感染症緊急対策法が国会で成立すると報じられる。保菌者騒動終結が現実のものとなった秋保では、非日常を終わりにすべく晴輝は、きらら一人と付き合おうとしていた。だが…紗月とらぎ姉の苦しむ姿を目の当たりにし、道を踏み外す決断をする! 一方、法案審議が始まった国会では“敵”の仕掛けが…。