ある雨の日、主人公の柏木空は雨で滑った男性を手助けする。
その男性は空のカバンの中から少しだけ覗くミーくんを見つけ、
空を質問攻めに。適当にごまかし、足早に去る空だったが、漠然とした不安があった。
ミーくんたち不思議な生き物たちを取り巻く組織が徐々に明らかに…!?