巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。

マーレに潜入し、大打撃をもたらしたエレン。その目的はジークをエルディアへ連れ帰ることだった。王家の血を引くジークを迎え入れたことで、全世界に対抗する力「地鳴らし」の発動条件を手に入れたエレン達。だがそれは同時に、全面戦争へのカウントダウン開始の合図でもあった・・・・・・。