プレイヤーはカプコンとマーベルのキャラクターリストから任意に選んだ3人を操作し、相手の操る3人のキャラクターを必殺技などを駆使して攻撃し、全員の体力を0にすることで勝利となる。制限時間内に勝負が決しない場合はチームの総体力が多い方の勝ちとなる。プレイヤーが操作するのはステージ上に存在するプレイアブルキャラクター1人のみだが、控えのキャラクターを特定の攻撃を自動で行う「ヴァリアブルアシスト」としてステージに呼び出すことができ、これによって一時的に同時攻撃が可能となる。体力が0となったキャラクターはその場から消え、控えのキャラクターが新たなプレイアブルキャラクターとして一定時間後にステージに登場する。これを最後の3人目が倒れるまで繰り返す。勝敗は1試合のみで決する。