高校生・天宮晴輝の住む町は、ある日突然、人を襲う“保菌者”によって埋め尽くされてしまった…。蠢く大量の“保菌者”から逃げ切れるのか!? 絶望的サバイバル、開幕! 変わり果てた人間が町を襲い、変わり果てた町が人を阻む!! いつもの道を、命を懸けて駆け抜けろ!

地下研究所を訪れた晴輝。そこで目にしたのは自分の父、天宮教授のグループと、それを敵視するグループとの対立だった。対立グループから、いやがらせを受ける小鳥や子供達に安全地帯への避難を提案した晴輝だが、小鳥はそれを断り、ここに残るという。対立の圧力が高まる地下研究所に不穏な気配が立ち込める!