不久的将来，人类在与病毒性寄生生物“gastrea”（原肠动物）的战斗中落败。人类被逼到狭小的国土，活在与恐怖为邻，与绝望为伴的环境中。
在那个被封闭在黑暗的世界里——
　　居住在东京区域的少年莲太郎，身为应对gastrea的专家“民警”的一员从事危险的工作。他的伙伴是略显早熟的幼女延珠。运用特殊能力战斗的二人在某天从政府接到特别命令。据其内容，这是一项很可能会毁灭掉东京的绝对保密任务……
　　以不久将来为舞台，惊心动魄壮绝山河的战斗就此开幕！