陵空高校の2年生・幾瀬鳶雄は5月に行われたハワイ行きの修学旅行を風邪で欠席してしまう。しかし同級生達が乗っていたフェリーが洋上で沈没、鳶雄は友人達と唐突な別れを経験することとなる。それから2ヶ月が過ぎ、別の高校に通っていた鳶雄だったが死んだはずの幼なじみを街で見かけたことから、学友達が「虚蝉機関」に攫われ人体実験を受けていること、自分自身にも神器と呼ばれる異能が宿っていることを知り、堕天使の総督・アザゼルからの指示で同じく神器を宿した仲間達と友を助ける戦いに身を投じることになる。