エレンらの住むパラディ島の外には、他の人間が住む世界が広がっていた。その中の一国「マーレ」は諸外国との戦争中。苦戦を強いられる中、彼らはパラディ島に攻め入り「始祖の巨人」を手に入れる決意を新たにする。ここにもまた、必死に生きる子供たちの姿があった……。