プラットフォームがニンテンドー3DS（以下、3DS）になった事で、同じ携帯機作品である『おいでよ どうぶつの森』からボリュームやグラフィック描写が大幅に向上し、シリーズで初めて立体視映像にも対応した。
今作では、『どうぶつの森+』から登場していたコトブキは村長を引退し、プレイヤー自身が新たな村長となり、公共事業、条例の制定といった村づくりを行うことになる。また、プレイヤーの等身がこれまでのシリーズと比べると多少高くなった事で、それに合わせて住人達の等身も見直されており、プレイヤーが身に着ける衣服も多様化（後述）している。また、村のBGMも一新され、より開放感のある音楽に仕上がっている。
2010年のE3で3DS用ソフトとして初めて発表され、2012年4月21日のニンテンドーダイレクトにて、2012年秋に発売予定であると発表された。タイトルの「とびだせ」は立体視表現のみを表すものではなく、遊んでいるプレイヤーも様々な場所へと飛び出して欲しいという願いから付けられたものだという。さらに2012年8月29日のニンテンドーダイレクトで、発売日が2012年11月8日であることが発表された。
任天堂社長の岩田聡曰く、無料のゲームデータを配信するが、有料のダウンロードコンテンツや、アイテム課金は一切無いとの事。これは、『どうぶつの森』というゲームがお金の力に任せて遊ぶゲームに変わってしまい、不健全になりかねないからだと説明している。
ソフトの販売方法として、「パッケージ版」とニンテンドーeショップを通じて購入できる「ダウンロード版」の両方が用意されているが、どちらもゲーム内容は全く変わらない。
2013年3月5日には、公式サイトで様々な不具合を修正した更新データを配信することが告知され、2013年3月18日から「更新データ バージョン1.1」の配信が開始された。このデータの配信開始後は、最新の更新データが3DS本体にインストールされていないと、ローカル通信やインターネットによる機能が利用不可能となる。