人類は、女性だけになりました。
はるかな未来、女性のみとなった世界。純野小羽(すみの・こはね)は、美しい庭園があると噂される白咲耶学園に入学する。可憐に花が咲き乱れ、蝶が舞うこの庭園は、まるで楽園のよう。秘密の花園で出会った少女たち同士で繰り広げられる、愛憎渦巻く新時代のラブストーリー！
名門・白咲耶学園には「中庭にある二本の木の下で花を贈り合う二人は、永遠に結ばれる」という伝説があった。その言い伝えに憧れる新入生の小羽は、さっそく中庭を訪れる。園芸部の「部長代理」という花束烈火(はなつか・れっか)は小羽を歓迎し、花冠をかぶせてくれた。
だが、そこが「伝説の二本の木の下」であったためか、二年生の藍宮葵(あいみや・あおい)は激高し、小羽への敵意を隠さない。
「キレイなものが好き」と中庭へ通い続ける小羽だが、葵はそんな彼女に思わぬ行動に出て...？
ここは本当に楽園なのか、それとも絶望の園(ディストピア)なのか？
遠い過去、生殖細胞を破壊するウイルスが流行し、この世界ではもはや、男性が誕生することはない。そして舞台はその世界の、閉ざされた学園の中庭。この「檻の中の檻」で、少女たちが夢見る本当の願いとは？
時に美しく咲き、時に無残に散る、少女たちの儚い想い。
豪華絢爛、新世代の恋愛奇譚、華麗なる第1章！