アニメ作品『遊☆戯☆王5D's』のメディアミックスの一環で、2009年10月号よりVジャンプにて連載が開始された作品。
5D'sの特徴であるシンクロ召喚のみならず融合モンスターも存在し、「融合」と韻を同じくしフィールドのモンスターとデッキまたは墓地のモンスターを幽合する「幽合」や、手札融合だけを可能とし発動後2ターン目に自分の墓地から手札に戻る「チャージ・フュージョン」、エクストラデッキの融合モンスターをさらに融合させる「エクストラ・フュージョン」など、融合召喚のための専用カードも多様に存在する。
アニメと異なり、決闘疾走者（ライディング・デュエリスト）はヘルメットをしていないことがほとんどであり、魔法カードは「Sp-」以外が使用されている。
「ライディングデュエル」を「決闘疾走」と書くなど、用語は漢字にカタカナのルビを振った形となっている。
アニメ版と異なり、過去シリーズとの繋がりははっきりと明言されていない。カードゲームをすることは「デュエル」や「ライディング・デュエル」とだけ呼ばれ、「マジック&ウィザーズ」、「デュエルモンスターズ」などの固有の名称は使われていない。