舞台は前作『バテン・カイトス 終わらない翼と失われた海』より20年前の帝国アルファルド。

帝国の裏の顔ともいえる暗黒部隊に突然緊急招集が掛かった。作戦室に並ぶ部隊員達の中にサギもいた。その夜彼らに下された任務は、自らの国の主、帝国皇帝オーガンの暗殺だった。新入りの身で極秘の任務に就くことになったサギは、周囲からの反感を買いながらもパートナーのギロたちと共に作戦を開始する。皇帝の住む屋敷への潜入は難なく成功、暗殺決行の時は近づいてゆく。しかし皇帝の私室前に辿り着いた時、部屋から話し声が聞こえる事にサギは気付く。意を決し中へ突入すると、謎の男が皇帝の前に佇んでいた。男はサギと入れ違いに立ち去り、サギが皇帝のもとに駆け寄ると、すでに皇帝は殺されていた。

任務の根幹を揺るがす事態に戸惑うサギ達。そこへ同じ暗黒部隊の仲間達が殺到する。だが、彼らはサギを皇帝暗殺の容疑として処刑すると言う。部隊の命令で実行した任務のはずなのに、その部隊に殺されようとしている。突然の出来事に翻弄されながらも何とか逃走するサギとギロ。

更に追い討ちをかけるかのように、逃げる彼らの前に突然異形の怪物が現れる。度重なる事態。そして、この怪物との出会いが、サギを物語の真実へと導いてゆく。