"命运指引，圣杯召唤，世界已开始扭曲，人类将不复存在，赌上整个种族的命运，男主藤丸踏上了扭转历史的征途，等待他的是各个时代的英雄，然而他们是敌？还是友？人类又能否取回失去的未来？征途即将展开…… 本作同Fate/Grand Order-turas realta-联动，为大家带来特异点F,第一特异点，第二特异点，第四特异点，第六特异点以及终局特异点的故事。"

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秘密设立的研究机关「迦勒底」结合各种技术，观测人类一百年之后的历史，确保人类的时代能永远存活下去。在故事开始半年前，迦勒底在一次观测时，发现人类史突然在2016年7月灭绝。查究原因，研究员认为与同一次观察时同样突然在时间轴上出现的诡异「特异点」有关。为了延续人类历史，迦勒底招募了主角在内48名可以进行灵子转移的人类，前往过去调查与修正「特异点」，48名适合者在进行第一次灵子转移前，迦勒底发生爆炸，在只剩主角能进行灵子转移的情况下，成为半英灵玛修的御主，并在已经异变的冬木市寻找造成异变的圣杯。

——东立版