巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。

「獣の巨人」達との戦いの末、地下室に辿り着いたエレン達。そこで彼らは、グリシャの遺した本と記憶により、グリシャの生い立ちや壁内にやってきた真の目的を知る。そこから明らかになったのは、エレン達が相手にしているのは、これまで戦ってきた巨人よりもさらに巨大な「世界」そのものだという事実。壁の向こうに自由が無いこと、海の向こうには敵が待ち受けていることを知ったエレン達の行く末は……。