前作のシンフォニックナイツがファルケと戦っていたちょうどその頃、別の場所で、
新たな物語が始まろうとしていた…
主人公は、異世界パレキシアからやってきた「シルヴァ・ラドクリフ」。彼は、変容魔法
『メタモライズ』という独自の魔法を操る魔導士で、「アザハイド帝国」に軍人として仕えていた。
あるときシルヴァは、『メッツァー・ハインケル』と名乗る男から、魔力を帯び始めた
地上世界（現在の舞台）の存在を聞かされる。
シルヴァの得意とする『メタモライズ』は、自らの魔力を持って他の魔力に干渉し、
そのものの存在を変容させる高度な魔法だが、彼の住む魔法技術の発達したパレキシ
アではそれらに抵抗するための技術も進んでおり、力を持たなかった。
だが、そんな自分の能力も、新たに魔法を持ち始めた世界でなら『メタモライズ』への
抵抗も弱く、絶大な力を発揮すると考え、シルヴァは軍を脱走しこの世界へとやって
きた。この地上世界を手に入れるために。
地上征服の為の行動を開始するシルヴァ。そんな彼の前に、正義感に溢れた一人の
少女が現われ、彼の行動を正そうとする。彼女の名は立花亜梨子。
亜梨子を排除しようとするシルヴァ。
すると突然、彼女はシルヴァの持つ、メタモライズの才覚を持つ者に変身能力を与える
ブレスレットに反応し、可憐な戦士『エリクシルナイツ』に姿を変えた。
力を持った亜梨子は戸惑いながらもシルヴァに戦いを挑む。
彼女こそ、シルヴァがメッツァーからその存在を知らされていた『魔法戦士』だった。
こうして、シルヴァとエリクシルナイツの、地上を巡る戦いが始まった…