十多年前曾发生过一场惊天动地的忍界大战，让甲贺与伊贺两村死伤无数。双方的首领在死前所留下的遗腹子，就是甲贺八郎与伊贺响这对双胞胎。多年后，突然出现了名为「成寻众」的神秘集团，成员个个都能使用高强的法术或绝世武功，他们为了夺取强大的「樱花」之力，藉德川家的名义出手缉拿甲贺八郎与伊贺响。「甲贺五宝连」与「伊贺五花撰」挺身抵抗，但――！

　　忍法殺戮合戦、再び！！甲賀と伊賀の忘れ形見たる双子の忍が、苛烈な宿命に立ち向かう！！『バジリスク〜甲賀忍法帖〜』の十年後を舞台に描かれる、新たなる忍たちの戦い！！