主人公リンクによって魔王ガノンは倒された。しかしトライフォースを奪還しゼルダ姫を救出しても、ハイラルは荒廃の一途を辿った。ガノンの遺した邪悪な影響力が、神々の地を徐々に蝕んでいた。
そして数年後、16歳になったリンクの左手の甲に、突如トライフォースの紋章が現れる。ゼルダ姫の乳母であるインパはその紋章を見ると、リンクを初代ゼルダ姫の元へと案内し、古の王家に起きたという悲劇を語り始めた。
その昔、ハイラル王家には「力のトライフォース」「知恵のトライフォース」とは違う、「勇気のトライフォース」が封印されていた。初代王女ゼルダは、それを狙って兄王子に近づいた魔法使いに最後まで抵抗したために命と引き換えの呪いをかけられ、決して覚めぬ眠りに落ちた。過ちに気付いた兄王子は後世に遺す戒めとして、代々の王女をゼルダと名乗らせるよう定めたのである。
インパはリンクに対し、「勇気のトライフォース」があれば初代ゼルダを目覚めさせることができ、左手の紋章はトライフォースを継承できる証であると教えた。そしてリンクは、インパから渡された古文書を読み、「勇気のトライフォース」は「死の谷」の大神殿にあること、そこへ入るには6つの神殿にある神像にクリスタルをはめ込んで結界を解かなければならないことを知った。魔物たちが魔王ガノンを復活させる儀式に必要である「ガノンを倒した者の血」を手に入れようと躍起になる中、リンクは「勇気のトライフォース」を求め、インパから渡された6つのクリスタルを手にして、再び旅に出ることを決意する。