学園都市で、いま人気の次世代競技がある。
現実の街並みを疾駆する巨大なバーチャロイドで行なう機動戦。
その正式名称を『電脳戦機バーチャロン』と言う。
超能力者だろうが無能力者だろうが、テクニックさえあれば誰もが対等に渡り合えるところがツボにはまり、
学園都市の生徒間で爆発的に広まっている。

白の意匠で統一されたバル・ルルーンを専用機とするインデックスと、
初期装備テムジンが愛機の上条当麻がバトルを開始したその日。

「凛鈴。富良科凛鈴です。私はリリナではありません……むにゃ……」
寝不足気味の少女が学園都市に降り立った。
そして、上条は遭遇する。
通常のバーチャロンでは起きてはならない未曾有のアクシデントに。

そしてそれは、電脳戦機と学園都市が融合した、壮大な闘いの幕開けの合図だった——！　

…という小説版での顛末を経て、
本作では、学園都市を舞台にして新たに巻き起こる騒動・闘いが描かれます！