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物語は大きく二つに分かれる。
第1話から第28話は、白土三平の漫画「忍者旋風」のストーリーを下敷きにしており、フジ丸の生い立ちから始まり、「竜煙の書」をめぐる忍者たちの戦いを描く。赤ん坊だったフジ丸は、母が野良仕事をしている最中にワシにさらわれ、風魔十法斉率いる忍者集団の風魔一族に助けられ、少年忍者として成長する。しかし十法斉が冷酷非情の人間であり、大量殺傷兵器の製法を記した「竜煙の書」を手に入れて天下を支配しようとしているのを知り、これを阻止しようと、恐るべき秘術を持つ風魔の忍者たちや豊臣、徳川の忍者たちと死闘を繰り広げる。その間に、少女美香や身寄りのない少年太郎、わが子（フジ丸）をさらわれて自責の念にとらわれながら、それでも子を探し出そうと旅を続ける母お春などのエピソードが挿入される。
28話までの放送では、6回から10回ごとにそれまでの物語の経過を振り返る「総集編」が挿入される構成だった。
第29話から第65話（最終話）は、主人公のキャラクターをそのままに、脇役の美香と太郎をそれぞれミドリと太助に改名し、フジ丸が東映動画オリジナルの悪役と対決していくストーリー。悪役は南蛮（すなわち外国）からやってきた忍者群、忍盗羽黒族など。