人類の天敵『穢れ』との戦いを生業とする『祓い』家系に生まれた主人公は、幼少の頃に祓いとしての技術を磨くため、故郷を離れ修行に出される。長年修行に明け暮れて育ってきた主人公だが、穢れの活動が活発化した事もあって修行を切り上げて故郷へと帰って来た。
一人前の祓いとなるためには、パートナーの巫女（女性）を得なければいけないと父親から言い渡され、パートナー候補という女の子達と同居するハメになる主人公。パートナー候補の娘は、修行に出される前に交流のあった幼なじみの皇姉妹、そして主人公が修行に出されている間に養女となった義理の妹だった。
祓いとしての力の源である『霊力』の補給という名目で、女の子達とのＨ公認の同居生活は、お料理やら水着やら楽しいイベントも盛りだくさんで、修行ばかりで色気の無い青春を送ってきた主人公には、まさに地獄から天国！？
学生として学園に通いながらの穢れとの戦い、新たな人々との出会い、そして穢れと祓いとの戦いは新たな局面を迎え、隠された真実が明かされる時が訪れる……？
はたして主人公の恋と戦いの行く末とは……！？