ある日の夜、マリオは地上に落ちてきた流れ星の「ひかるピース」の一部を拾う。そしてその翌朝クッパから、意地悪のお詫びにご馳走を振舞うという招待状が届いた。 マリオたちは疑問に思いつつもクッパ城へと向かうが、やはり騙されてクッパの「ミニミニのつえ」で体を小さくされ、「ひかるピース」を奪われてしまう。

そのまま遠くに置き去りにされたマリオたちは、クッパを倒して元の大きさの体に戻るため、クッパ城へ冒険に旅立つ。