宇宙暦539年 / 時空紋章を巡る戦いより２年――

銀河連邦とクロノスとの戦後処理も滞りなく完了し、連邦内は穏やかな平和を享受していた。

そんな中、深宇宙探索を進める連邦所属GFSS-3214F探査戦闘艦に悲劇が襲う。探査任務からの帰還中、3隻の宇宙海賊と思しき戦闘艦の急襲を受け、艦体に大きなダメージを負ってしまったのだ。

多くの乗組員を脱出ポッドによって戦線離脱させ、艦を守るため最後に残った艦長は緊急亜空間ワープを敢行。
重力ターンと同時に行われたワープは失敗。眩い光につつまれ、意識は闇に飲み込まれてしまう。

目覚めた場所は連邦の管轄より遠く離れた宇宙。見渡す限り荒野の広がる惑星の上だった………。

まずは状況を把握すべく艦外の探索を進めると無人と思われる荒野で危険生物に追われる女性と遭遇。
窮地に追い込まれるが、女性が力の限りを尽くし発動した戦士召喚の紋章術のおかげで難を逃れ、惑星の衛星軌道上に脱出する。

無限とも思われる長い地球への航路。
シールドすら張れない枯渇したエネルギー。女性の使う未知の紋章術。

様々な問題を抱えながら、
故郷への旅が今、始まる………。