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• 01

1999年、館山市からある物がトラックによって運び出された。その数日後、台風と共にゴジラが館山に上陸。対特殊生物自衛隊＝通称「特生自衛隊」（JXSDF・Japan Counter-Xenomorph Self Defence Force）はゴジラ迎撃を開始するが、全く歯が立たない。
その戦渦、特生自衛隊員・家城茜は操縦するメーサー殺獣光線車を仲間の車両に激突させ、崖下に転落させてしまい、その車両は無残にもゴジラに踏み潰されてしまう。命は何とか助かったものの、茜は仲間を死に追いやったという自責の念を拭い去ることが出来ないまま、責任を問われる形で資料課への転属を命じられる。
一方、日本政府は柘植真智子首相指揮の下、湯原徳光ら日本有数の科学者達を招集して対G兵器の開発に着手、館山沖から引揚げられた初代ゴジラの骨格を基に、4年の月日を経て遂に機龍《メカゴジラ》を完成させた。そして柘植首相は辞職し、科学技術庁長官だった五十嵐隼人が新首相に就任する。
時を同じくして、いまだ心にさまざまな葛藤を残している茜の機龍隊への配属が決定、機龍のオペレーターに任命される。
そして機龍のテスト機動が開始されたとき、ゴジラが東京湾に出現。茜を含む機龍隊は機龍を発進させ、ゴジラに向かう。
ゴジラは横浜・八景島に上陸し、その前に機龍が立ちはだかる。機龍はロケット弾とメーサーで徐々にゴジラを追いつめ「アブソリュート・ゼロ」でとどめを狙う。しかしゴジラが天に向かって咆哮すると、機龍がコントロール不能に陥ってしまう。その隙にゴジラは海中へと姿を消す。しらさぎが機龍を回収し帰還しようとしたところ、突然機龍がまるで意志を持ったかのように動き出し街を破壊し始める。ゴジラの声が機龍のコンピューターに干渉し、初代ゴジラの意識が目覚めてしまったのだ。目が赤く染まり、「本物のゴジラ」の如く猛威を振るう機龍を止めるには体内のエネルギーが尽きるのを待つしかなかった。
機龍の暴走で八景島周辺は全壊。プロジェクトの総責任者である五十嵐にも責任を問う声が高まり、機龍隊の存続も危ぶまれる。湯原は機龍のDNAコンピュータの塩基構造を変えることでゴジラからの干渉を回避させるよう改良を施す。しかし五十嵐は再び暴走するのではないかと恐れ、出動許可を下さないでいた。また湯原の娘・沙羅も、初代ゴジラの骨から作られた機龍が、本来同族でもあるはずのゴジラを倒すことに疑問を感じ始める。
東京湾から再びゴジラが出現する。特自の攻撃をものともしないゴジラは品川に上陸し、市街地を火の海へと変えていく。この事態に五十嵐は、ついに機龍出動を決断する。人類の希望を背負って機龍は飛び立つ。
ゴジラを倒すべく品川の街に降り立つ機龍。決死の覚悟で戦いを挑む茜。機龍、そして茜の戦いがここに始まる。