巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。

エレンの生家の地下室に眠る「真実」を手に入れるため、ウォール・マリア奪還最終作戦を決行した調査兵団。しかし、その行く手にはライナー、ベルトルト、そして「獣の巨人」らが待ち構えていた。絶望的な戦況。情報、戦力、作戦。何もかもが、足りない。多くの犠牲を出す最中、作戦を指揮するエルヴィンが下した決断とは──? かつての仲間達との戦いに勝利し、エレン達は「真実」を手にすることができるのか!