数え切れない程の絶望を何度も乗り越え、ついに訪れた平和な日々。ミネルバは、甲児やさやか達とともに穏やかな時間を過ごしていた。そんな中、世界各地では差異次元の影響からか奇妙な事象が起き始め、甲児たちの前にも謎の預言者が現れ、新たな敵への警告を促していた。
そして遂に新たな敵、暗黒大将軍率いるミケーネ帝国が姿を現した。古代ミケーネ人がマシンと融合した戦闘獣の力は圧倒的で、世界各地のスーパーロボットのみならずマジンガーZまでもが超合金Zを無力化されて大きな損傷を受けてしまう。さらに、平和な日々に戻るためにほぼ生身の体となっていた甲児も瀕死の重傷を負ってしまった。
大手術でなんとか一命を取り留めた甲児は、事態を把握するために謎の預言者を探し、先の戦闘で廃墟となった街で再会を果たす。その正体は、この世界では既に死んでおり、多次元融合でこの世界に現れた甲児の父・兜剣造だった。彼は元の世界では暗黒大将軍率いるミケーネ帝国との戦いの準備を進めており、そして多次元融合でこの世界にも暗黒大将軍が現れると予想していたという。その最中、戦闘獣襲来の報を受けた剣造は、暗黒大将軍に対する切り札を持っているが完成までにあと24時間かかること、マジンガーZの魔神化を避けるために甲児はこれ以上出撃しないように告げて姿を消した。