舞台は人間と妖怪が共存する日本。月の満ち欠けとともに営んでいた生活が改暦によって、太陽の巡りとともに生きていくこととなった。しかし、人間側の勝手な改暦に反発した反対派の妖怪たちが、様々な問題を起こすようになってしまう。陸軍と妖怪は、妖怪絡みの問題を解決するため、新組織「妖人省」を立ち上げた。
妖人省に招集された半妖のざくろ・薄蛍・雪洞&鬼灯と、陸軍軍人の総角景・芳野葛利剱・花桐丸竜はそれぞれチームを組み、不可思議な事件に立ち向かう。