地球ーー、ずっと続く、たった一つの大切なもの。主人公・綾辻塞はそう思っていた、次元跳躍してきた機体・アナイアレイターと出会うまでは。人類抹殺を誓約とし、次元跳躍を続けるアナイアレイターは、塞が住まうアース8731に出現。塞を殺そうとするが、自機の行動に命令を下せるコマンドユニットを塞に掌握されてしまう。地球の存亡をかけ、決して交わらぬタッグが人類抹殺を誓う後続機達とのフロントラインに立つ。