巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。

巨人に対する真の勝利を獲得すべく、調査兵団はウォール・マリア奪還最終作戦を決行する。作戦の内容はウォール・マリアのシガンシナ区に空いた穴を、エレンの硬質化能力によって塞ぐというもの。そして、ウォール・マリア内にあるエレンの生家の地下室に眠る「真実」を目指す。だが、そこには「獣の巨人」たちが待ち構えていた! 巨人と調査兵団。最終決戦が、いま始まる。