デジモンの育成が得意な主人公は、ある日携帯型デジタルモンスターの本体からの光に飲み込まれ、デジモンワールドに召喚される。
ゲームの中の世界では、デジモン達が心を失いつつあり、かつては「はじまりの街」で暮らしていたデジモン達も、街を去り街の言葉を忘れてしまっていた。
デジモン達と心を通わせることのできる主人公は、「はじまりの街」に住むデジモン達から事情を聞いた主人公は、街の復興と異変の原因を調査するため、パートナーデジモンとともに数多くのデジモンが住まう「ファイル島」を旅することとなる。