神奇宝贝整理箱 红宝石·蓝宝石又称神奇宝贝盒、神奇宝贝保管箱、神奇宝贝箱子等，是对应第三世代游戏的神奇宝贝整理与收纳软件。

主要用于第三世代神奇宝贝游戏存储神奇宝贝使用，相当于一个超大容量的神奇宝贝箱，支持批量存储，且可以存储多个游戏的神奇宝贝。除此之外还可以利用该软件在NGC上运行红蓝宝石版游戏。