在本作中，玩家通过数字解谜的方式，完成神奇宝贝的像素图。解谜完成的神奇宝贝将作为支援伙伴，通过技能帮助解出其他谜题。
本作中有被称为「ピクロイト」的宝石以帮助解谜，可以在游戏中获得或通过应用内购买取得。本作和「大家的神奇宝贝大纷争」一样有课金上限，即5000个ピクロイト（3750日元），之后可以免费取得ピクロイト。
本作收入了所有传说中的神奇宝贝和超进化，包含了超过300个谜题。
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本作收入了所有传说中的神奇宝贝和超进化，包含了超过300个谜题。