白土三平の代表作の一つ。徳川方の刺客達との戦いを通じて、甲賀流の少年忍者・サスケの活躍と成長を描く。かわいらしい絵柄と裏腹に情け容赦のない展開で登場人物が死に、当時の漫画とは一線を画した作品であった。作中で使用される忍術には科学的な解説による種明かしがされており、当時の読者層だった子供にもわかりやすく丁寧に書かれている。雑誌掲載時のタイトルは1961年7月号から1965年2月号までが『サスケ』で第1部にあたり、1965年5月号から1966年3月号までの第2部は『サスケ第2部』となっていた。

当初は『少年』本誌での連載だったが、1961年12月号より本誌とその付録本に連載する形となる。付録本には本誌の続きが掲載されていた。その後1962年7月号と8月号の複合付録本（他の作家の漫画と併録形式の付録本）『少年漫画ブック』での掲載を経て、付録本での連載となった。1966年1月号から3月号までの最終3話分は複合付録本『少年パンチ』での掲載となっている。

1963年、白土は本作と『シートン動物記』で第4回講談社児童まんが賞を受賞。1968年にはテレビアニメ化され、それと併せてリメイク版が『週刊少年サンデー』（小学館）に連載された。