メダロットと共に過ごし、戦い続けてきた主人公イッキ。
一方で『自分は本当にメダロットのことを分かっているのだろうか』と悩んでいた。
そんな時、メダロット社から課せられる厳しい試験「メダ検」の数々を乗り越えたものだけに与えられる称号「メダマスター」の存在を知る。
彼の学校に新しい担任としてやってきたリュウコに、長年一緒にいたパートナー1体を残して
メダロッチのデータをすべて取り上げられてしまったイッキは、これを機にメダマスターを目指すことを決意する。

一方「四天王」と名乗る小学生たちの部下によって花園学園が襲われ、イッキ達の友人であるカリンがさらわれてしまう。
イッキと仲間たちはカリンを助け出すために、東西南北の小学校に突如現れた｢四天王｣達と戦っていくことになる。