新生ロボロボ団との戦いも終わり、学校で授業を受けていたイッキ。
突然、学校が大きく揺れ、外に出てみると学校が巨大な塔に変貌していた。
そこに宇宙人たちが現れる。
どうやら彼らの母船が学校に不時着し、動力源であるフユーンストーンが破損・各地に散らばり、そのせいで時空が歪んでしまったのだという。

学校の外に出る前に手にしたフユーンストーンのかけらによって、歪んだ時空を動けるイッキ。
歪んだ時空を元に戻すためにはフユーンストーンのかけらを集め、母船に戻さなければならないという。
学校を元に戻し仲間を助けるために、イッキは宇宙人から受け取ったメダロットと共に塔の探索を始める。