時は近未来、「メダロット」と呼ばれるペットロボットが普及し、メダロット同士を戦わせる競技「ロボトル」が流行している世界。

前作でメダロットを使い世界征服を企んだ集団「ロボロボ団」との戦いから7年後…。
おみくじ町に住む少年イッキはひょんなことから念願のメダロットを手にする。
一方、解散したはずのロボロボ団も再び表舞台へあらわれ事件を引き起こす。
イッキは様々な騒動に巻き込まれながらも、メダロットと共に事件を解決していく。