決意の5人! フレア団本拠地へ乗り込め!

空路をゆくエックスたちを空飛ぶトレーナー群が襲いヘリは不時着! 度重なる追撃にたえかね、ついに反撃に転じる決意を固める一同。操られたアサメの人々を救い敵の野望を食い止めろ! 最終兵器起動はもう間近!!