コスモ歴20X6年、スペースパイレーツによるフェイゾン汚染の危機はサムス・アランの活躍によって阻止された。しかし、未だスペースパイレーツの残党は生き残っており、銀河連邦はコードネーム『ゴーレム』計画を開始。サムスのパワードスーツを基本モデルとしたバトルアーマー『メック』を開発し、銀河連邦兵士による『フェデレーションフォース』を結成した。フェデレーションフォースの最初の任務として隕石により寒冷化したエクセルシオンに基地を建設すべく、バミューダ星系三連惑星『エクセルシオン』『バイオン』『タルバニア』へ調査に向かう。