《穿越西元3000后》讲述的是一位生活在西元2011年的少女叶冰瑶在一次学校露营时，死党卫小桔发现一个山洞中好像闪出丝丝绿光便准备去看看，但找不到男生陪同前去，叶冰瑶决定两人前往。
在到了山洞后，两人发现了这里像是一个基地，随后发现有什么转动起来了，叶冰瑶在小桔的尖叫中失去了意识。醒来时发现自己掉在了一个未知的地方，自己竟然是裸体！而且面前还有一位面无表情手拿着枪的神秘人！
神秘男子葳斯基将叶冰瑶当成了火星来的人形机器人，并叫属下控制她的行动，叶冰瑶在机器手中再一次失去了意识。
当她又一次醒来时，发现自己已被控制，而那位神秘男子正拿着激光锯，准备将她的皮肤割开，以证明她是机器人。就在这时，一个温和的博士（离博士）出现了，以要调查为由，让葳斯基不要贸然行动，瑶瑶的命总算保下来了。通过调查，瑶瑶终于洗脱冤屈。同时，一场跨越千年的爱恋，关于西元3000后的故事就此展开……