第一部 誕生編
    少年型ロボット「鉄腕アトム」は、人間を助けて戦う正義のロボットである。だが、彼の前には数々の敵と謎が立ちはだかる。アトムを敵視するロボット、アトラス。謎めいた変身ロボット、プーク。そして、アトムの記憶からなぜか削除されている「父」、天馬博士。正義と平和を求めて戦う彼の前には、人間とロボットの間にある差別の壁が大きく立ちはだかる。果たして彼は、人間とロボットの幸福な未来を勝ち取ることができるのだろうか？

第二部 復活編
    人間とロボットの関係は乱され、ロボットは突如現れた「審判の女神」デスマスクによって殲滅されてしまった。どこで道を間違えたのだろうと嘆くアトムの前に、光り輝く「火の鳥」が現れ、彼に時間移動の能力を与える。時間をさかのぼり、人間とロボットの不和の原因を探るアトムだが、なぜかさかのぼって体験する新たな歴史は、前以上に苛烈なロボット弾圧へと動いていく。果たして真の問題はどこに潜んでいるのか？