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高中生高槻涼原本平静的生活，因为他右臂中潜藏的ARMS力量觉醒而被彻底打破。ARMS是一种由纳米金属生命体组成的集合体，具备进化能力，能够随时改变形态和功能。此外，ARMS之间还可以发生“共振”，成为彼此追寻的关键线索。

在这个过程中，凉遇到了同样拥有ARMS的新宮隼人和巴武士，三人不断受到神秘组织“Egrigori”的追击。在残酷的战斗中，纳米机器不断进化，而他们也逐渐成长……

高校生・高槻涼の平穏な生活は、右腕に隠されたARMSの覚醒により崩壊する。
ARMSは金属生命体・ナノマシンの集合体。進化により形状、機能を変化させる。
また、ARMSは互いに「共振」し、存在を知る手掛かりとなる。
涼は同じようにARMSを持つ新宮隼人、巴武士と出会う。
謎の組織「エグリゴリ」に執拗に狙われる三人。
過酷な戦いの中でナノマシンは進化し続け、彼らもまた成長していく…。