魚座の黄金聖闘士アフロディーテにより聖域に連れ去られたアテナ沙織は、ついに教皇と対峙した。しかし、語られる教皇の言葉に沙織は動揺する。一方、聖闘少女たちの学舎である聖アカデミーにも聖域からの強大な刺客が迫っていた…。
来るべき決戦の時、少女たちの想いは…!?