舞台は紀元3世紀の倭国。戦乱の時代を迎え、倭国がいくつもの国に分かれる中、邪馬台国の女王・壱与は、前女王・ヒミコの遺志を継ぎ、倭国統一を目指していた。一方、祖国を戦乱で失った少年・紫苑は、陰陽連の命令で国王を暗殺して国を滅ぼす「国崩し」を行っていた。