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宇宙有翼骨獣ゲランダが宇宙空間に出現。ウルトラマンダイナも現れ、戦闘を開始するが、ソルジェント光線の直撃にも耐える敵を前に危機に陥る。しかし次の瞬間、ゲランダは謎の戦艦の砲撃を受けて消滅。ダイナとスーパーGUTSの危機を救ったこの戦艦の正体は、TPCが極秘裏に作った電脳巨艦「プロメテウス」であった。

後日、クリオモス島にてプロメテウスの説明会が開かれた。招かれたアスカたちスーパーGUTSの面々は、そこで開発責任者のキサラギ・ルイ博士に出会う。「人間の思考パターンを読み取ったメインコンピュータが、その人間のとる行動と同様に動かすために無人であり、また圧倒的な破壊力を持つネオマキシマ砲を有する戦艦プロメテウスは、ウルトラマンダイナをも凌ぐ、新たなる人類の希望である」と、プロメテウスへの絶対の自信を語るキサラギ博士に、「大きいだけの戦艦がダイナよりも強力であるはずがない」と憤るアスカ。ヒビキ隊長はそんなアスカを抑えつつも「このような強力な兵器は人類には危険ではないか?」と進言する。キサラギ博士は「時代は常に先へと進む」とヒビキ隊長の言葉を一蹴。その一方で、人間の思考データを用いるという都合上、必要なデータが不足しており、キサラギ博士はそのためにスーパーGUTSの隊員たちの記憶をインプットしようと計画していた。ダイナを例えにしてプロメテウスの優位性を誇示され怒ったアスカは、「こんなデジタル戦艦の能力なんか否定してやる」と自らデータサンプルに志願するのだった。

しかし、データ移植の最中にアスカは意識を失い、過去に戦った怪獣たちとの壮絶な死闘を夢に見る。その中でゲランダとの戦いをも思い出し、ダイナがプロメテウスのネオマキシマ砲を受けて消滅する悪夢に苛まれたアスカは、気を失ってしまった。

マイに介抱してもらっていたアスカ。その時、突如謎の宇宙船がクリオモス島を襲撃する。ヒビキ隊長らがガッツイーグルに乗って迎撃に出るが、マシントラブルで分離出来ず、海上に墜落してしまう。マイとアスカも遅れて駆けつけるが、機嫌の悪いアスカは「足手まといだ」とマイを地下基地へと避難させ、ダイナに変身しようとする。ダイナがプロメテウスに倒される悪夢が脳裏をよぎり、変身を躊躇するアスカだったが、「ダイナは無敵の巨人だ。負けるはずがない」と自身に活を入れて、変身を遂げる。

その時、プロメテウスが出現。しかし宇宙船が照射した光線を浴びたプロメテウスは変形、電脳魔神デスフェイサーに変貌した