相次ぐ戦争により、滅びた惑星アイリス。その惑星から謎の声に導かれ、ウルトラプラネット、ライダープラネット、ガンダムプラネットの三つの惑星がアイリスの周辺に集まってしまった。それによって引き起こされた星々の混乱に乗じ、怪獣軍団、大ショッカー、ジオン・ザフト連合が、己が野望を達成せんと本格的な世界侵攻を開始する。この事態を打開するため、ウルトラプラネットの防衛チーム『GUYS』のゾフィーはレジェンドの名を冠する各世界の守護者らと接触し、彼らの後継者である新世代ヒーローを集結させて特務部隊『ヒーロー連合』を結成する。悪の組織を倒しアイリスから惑星を引き離すために其々の惑星をめぐるも、アイリスで起きた惑星を破滅させてしまう程の戦争で取り残された残留思念が宿る紫水晶の存在により、更に戦いは泥沼へと沈んでゆく。