東京都郊外に住む中学生、大山大。彼は病弱な両親とその教育方針から、実家を出て叔父夫婦の家で生活しつつ、中学生の身で数々のアルバイトをしながら学費と生活費を得るという苛酷な生活をしていた。そんなある日、大は空中を走る列車から投げ出され、落ちる夢を見た。その車窓から大の名前を繰り返し呼ぶ声の主は、自分の担任教師そっくりだった。
　　その翌日の土曜日、普通に隣駅まで電車に乗り登校した大だったが、その帰路、帰りの電車に乗ろうとすると、なぜか見たこともないような超近代的なホームへと降りてしまう。そこにやってきた13時13分発特急「000」。大は単に「空いている電車」と勘違いし、軽い気持ちで乗り込んでしまう。
　　だがそれは、大を不思議な世界へと導くミステリー列車だった。