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星暦2520年、銀河100年戦争と呼ばれた、地球連邦とセイレーン連邦との戦いが終わってから17年後、両陣営の境界線に位置するM27球状星団の惑星リンボス。
セイレーンの軍政下で、抑圧された暮らしを余儀なくされていた若者たちは、郊外に墜落していた宇宙戦艦（第17代宇宙戦艦YAMATO）のデータディスクを発見し、その中にあった設計図を元に放置されていた自動造船工場のドックで第18代YAMATOを建造する。
しかし、そのデータディスクには、銀河100年戦争の一因となった超古代文明に関する情報も記録されており、それを巡って地球連邦とセイレーン連邦は、再び戦争を始めてしまう。