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地球では人口増加対策として海洋都市計画が実施されていた。沖博士やナミと共に海洋都市建設に携わっていた海野広は、ある日、埋立工事現場の爆発事故に巻き込まれる。事故の直後、ナミは「雪の降る故郷に帰る」と広に告げて姿を消す。ナミの故郷は指宿なのに「雪の降る故郷」とは？ ナミに埋立地爆破容疑がかけられていると知った広は指宿へと向かう。
その頃、海洋科学局には「海の民の女王イザナミ」から宣戦布告が届いていた。海の民と陸の民の、生存を掛けた戦いが始まったのである。